SPring-8の高輝度な放射光を活用した
構造生物学研究環境の開発と整備を行っています

放射光構造生物学研究会

概要

　タンパク質や核酸などの巨大生体分子の立体構造解析は、生命現象を理解するために、また合理的医薬品設計やタンパク質工学などの産業利用のためにも、今や欠くことのできない研究手法となっている。タンパク質立体構造データベース（PDB）に登録されている構造情報の多くは放射光施設を利用した結晶解析法で得られたものであり、 放射光を利用した原子分解能の立体構造解析は必要不可欠の研究手法となっている。さらに近年は，Ｘ線小角散乱や振動分光法，XAFSや核共鳴散乱などを併用した構造研究も精力的に推進されており，広がりをもった構造生物学研究が展開されている。

　こうした背景もあり，放射光施設で対象とする結晶試料の性状は，格子定数，回折分解能，大きさ，X線照射感受性などの点でスペクトルが広く，難結晶性の試料や測定困難な試料も多く含まれる。したがって，ビームラインに求められる性能は試料の多様性と同様幅広い。SPring-8ではJASRIが運用する共用ビームラインだけでなく、理化学研究所や大阪大学蛋白質研究所などが管理運用するビームラインも存在しており，利用研究者の所属機関も大学や民間研究機関など広く産学官にわたっている。

　これらの多様な研究環境を有効に活用していくため、2012年度より「創薬等支援技術基盤プラットフォーム」事業が開始された。また、新たな光源であるXFELを活用した研究手法を見据えていくことも重要である。 以上のような構造生物学を取り巻く現状を踏まえ，本研究会はSPring-8と構造生物学研究者を繋ぐ役割を担い、放射光構造生物学のさらなる発展を目指すことを目的とする．

代表・幹事

代表者栗栖 源嗣 (大阪大学蛋白質研究所)
副代表者熊坂 崇 (JASRI)
幹事菅 倫寛 (岡山大) SPring-8シンポジウム担当
幹事入江 克雅 (和歌山県立医大) SPring-8シンポジウム担当
幹事沼本 修孝 (東京医科歯科大)研究会担当
幹事Jian Yu (大阪大)研究会担当
幹事坂井 直樹 (JASRI)研究会担当
幹事水島 恒裕 (兵庫県立大)SPring-8秋の学校担当
幹事村木 則文 (慶應義塾大)庶務担当
幹事藤原 孝彰 (東北大)庶務担当

登録

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登録者数

964名 (産86, 官108, 学452, 国外318), 2017/8/30現在

活動・会合

第17回研究会

日時
令和5年9月25日 13:15 - 26日11:30
場所
大阪大学理学部　D303講義室　(豊中キャンパス)
概要
生命理解や創薬研究の基盤として蛋白質の構造解析は確固たる地位を得ている。なかでも放射光を利用する結晶構造解析法は、自動の測定・データ処理が進展して、近年さらに研究者にとって身近となってきた。一方で、近年大きく進展したクライオ電子顕微鏡法も、SPring-8で装置の共用が開始され、結晶構造解析法との相互利用が期待されている。本ワークショップではSPring-8を利用したタンパク質構造解析の技術の現状と成果について報告するとともに、利用者と将来について議論を深め、当該分野における放射光科学を推進することを目的とする。

プログラム

9月25日
  1. 主催者代表挨拶
  2. 趣旨説明
  3. ビームライン現状報告
    1. 大阪大学蛋白質研究所ビームライン・台湾ビームライン
    2. 共用ビームライン(CryoTEMを含む)
    3. 理研ビームライン
  4. 利用成果報告
    1. 「細胞内タンパク質結晶化を用いた機能開発」安部 聡 (東京工業大)
    2. 「四量体型イオンチャネルにおける二価カチオンによる阻害の構造的基盤」入江 克雅 (和歌山県立医科大)
    3. 「呼吸鎖複合体IVの隠されたアロステリック阻害機構と抗菌薬開発への展開」西田 優也 (国立循環器病研究センター)
    4. 「概日時計タンパク質のアロステリックな律動を捉える構造生物化学」古池 美彦 (分子科学研究所)
9月26日
  1. 話題提供
    1. 「PDBjから見たCryoEMとMXの動向から -構造生物学の現在地と将来-」栗栖 源嗣 (阪大蛋白研)
  2. 総合討論
  3. 閉会挨拶

第16回研究会（終了）

日時
令和5年7月6日 18:45 - 20:15
場所
名古屋国際会議場（1号館3階 133, 134号室）
概要
近年のSPring-8構造生物学BLにおける自動測定の急速な浸透により、多数のユーザーがすでに自動測定を使用し、また新規ユーザーの参入も容易になっているものと思われる。今回の研究会では、自動測定の経験の浅いユーザー、新規に利用を検討している研究者の方々にもわかりやすく、結晶の準備から自動測定結果の精査までを概説する。加えてSPring-8生体高分子解析ビームラインおよびクライオ電子顕微鏡の、利用制度を含めた最新情報を講演いただく。 本研究会を通して施設担当者とユーザー間での情報共有をはかり、また今後の構造生物学についての動向調査としても議論の場としたい。
プログラム
  1. 開会挨拶
  2. 話題提供
    1. 「結晶を作る・拾う・保存する」 村木則文（慶應義塾大学理工学部化学科・構造生命化学研究センター）
    2. 「自動測定データの結果をもらった後、どこを見るべきか」 沼本修孝（東京医科歯科大学難治疾患研究所）
    3. 「SPring-8生体高分子解析ビームラインとクライオ電子顕微鏡ご利用のためのガイダンス」 坂井直樹 (JASRI)
  3. 総合討論
  4. 閉会挨拶

第15回研究会（終了）

日時
令和4年9月15日 10:30 - 17:00(ハイブリッド開催)
場所
大阪大学蛋白質研究所　1階　講堂
概要
生命理解や創薬研究の基盤として蛋白質の構造解析は確固たる地位を得ている。なかでも放射光を利用する結晶構造解析法は、自動の測定・データ処理が進展して、近年さらに研究者にとって身近となってきた。一方で、近年大きく進展したクライオ電子顕微鏡法も、SPring-8で装置の共用が開始され、結晶構造解析法との相互利用が期待されている。本ワークショップではSPring-8を利用したタンパク質構造解析の技術の現状と成果について報告するとともに、利用者と将来について議論を深め、当該分野における放射光科学を推進することを目的とします。
プログラム
  1. 主催者代表挨拶・趣旨説明
  2. ビームライン現状報告
    1. 大阪大学蛋白質研究所ビームライン・台湾ビームライン
    2. 共用ビームライン
    3. 理研ビームライン
    4. 共用CryoTEM
  3. 利用成果報告
    1. 「DNAの酸化損傷の回避・修復機構の構造学的研究」 中村照也 (熊本大)
    2. 「高輝度放射光を利用した分子モータータンパク質の神経変性疾患型変異の構造動態解析」 小川覚之 (獨協医大)
    3. 「低分子リガンドによる蛋白質-蛋白質間相互作用の制御に基づくP-カドヘリンの細胞接着形成阻害」 妹尾暁暢 (九州大)
    4. 「X線・クライオ電子顕微鏡で観る医学・生命科学」 仁田亮 (神戸大)
  4. 話題提供 (SPRUC研究会; 利用動向調査の議論を含む)
    1. 「新BINDS」 山本雅貴 (理研RSC)
    2. 「bioSAXS の現状」 関口博史 (JASRI)
    3. 「利用制度」 熊坂崇 (JASRI)
  5. 総合討論（議事録）
    1. SPRUC研究会新幹事紹介
    2. 研究会アンケート調査の結果報告
    3. 討論
  6. 閉会挨拶

第14回研究会（終了）

日時
令和3年9月21日 13:20 - 17:00(オンライン開催)
概要
生命理解や創薬研究の基盤として蛋白質の構造解析は確固たる地位を得ている。なかでも放射光を利用する結晶構造解析法は、自動の測定・データ処理が進展して、近年さらに研究者にとって身近となってきた。一方で、近年大きく進展したクライオ電子顕微鏡法も、SPring-8で装置の共用が開始され、結晶構造解析法との相互利用が期待されている。本ワークショップではSPring-8を利用したタンパク質構造解析の技術の現状と成果について報告するとともに、利用者と将来について議論を深め、当該分野における放射光科学を推進することを目的とします。
プログラム
  1. 主催者代表挨拶・趣旨説明
  2. ビームライン現状報告
    1. 大阪大学蛋白質研究所ビームライン・台湾ビームライン
    2. 共用ビームライン
    3. 理研ビームライン
  3. 利用成果報告
    1. 「胃の酸性化の分子メカニズム」 阿部一啓 (名古屋大学)
    2. 「BRIL融合GPCR構造解析用新規抗体の発見」 宮城光、鈴木道彦 (協和キリン株式会社)
    3. 「金属酵素成熟化において一酸化炭素が合成されて輸送される分子機構の解明」 村木則文 (自然科学研究機構分子科学研究所)
  4. パネルディスカッションと総合討論
    1. 話題提供「自動測定」 平田邦生 (理研RSC)
    2. 話題提供「共用CryoTEM」 重松秀樹 (理研RSC/JASRI)
    3. 総合討論（議事録, 動向調査報告書）
  5. 閉会挨拶

第13回研究会（終了）

日時
令和3年3月23日 10:00 - (オンライン開催)
概要
蛋白質の構造情報は生命理解や創薬研究の基盤としてますます重要性が高まっています。結晶構造解析法は、放射光施設での自動の測定・データ処理が進展し、結晶化環境も利用しやすくなるなど、敷居が下がってきています。本ワークショップでは放射光施設SPring-8を利用したタンパク質構造解析の技術の現状と最新成果について、これから取り組みたい方にも向けて紹介します。また、将来について議論を深めることで、当該分野の研究を推進することを目的とします。特に、今回はCOVID-19治療薬開発につながる最新の成果について、世界初のHIV治療薬を開発された国立国際医療研究センターの満屋裕明先生にご講演いただきます。
プログラム
  1. 主催者代表挨拶・趣旨説明
  2. ビームライン現状報告
    1. 大阪大学蛋白質研究所ビームライン・台湾ビームライン
    2. 共用ビームライン
    3. 理研ビームライン
  3. 利用成果報告
    1. 「X線結晶構造解析とその理解に誘導されたHIV/HBV/SARS-CoV-2感染症に対する治療薬の開発」 満屋裕明 (NCGMRI/NCI・NIH)
    2. 「リボソーム合成と生理活性フォルダマーペプチドの発見」 仙石徹 (横浜市大院医)
    3. 「黄色ブドウ球菌の病原因子を阻害する抗肥満薬」 北所健悟 (京都工繊大)
    4. 「環状ペプチドのヒト血清アルブミンに対する結合様式」 和久井直樹 (長岡高専)
    5. 「Trypanosoma brucei GMP還元酵素の多量体構造変化とアロステリック調節」 乾隆 (大阪府大院生命環境)
  4. 自動測定・遠隔測定の紹介
    1. 「自動測定システムZOOの上手な使い方」 平田邦生 (理研RSC)
    2. 「遠隔実験システム」 水野伸宏 (JASRI)
    3. 「SPring-8の自動測定/遠隔測定使用記」 沼本修孝 (東京医科歯科大学)
  5. 施設の状況と総合討論
    1. 話題提供「CryoEM/bioSAXS/XFEL」 山本雅貴 (理研RSC)
    2. 話題提供「最近の施設の動向」 熊坂崇 (JASRI)
    3. 総合討論（議事録, 動向調査報告書）
  6. 閉会挨拶

第12回研究会（終了）

日時
令和元年9月9日（月）13:15- 10日（火）15:00
場所
大阪大学・吹田キャンパス　蛋白質研究所　１階講堂
概要
放射光施設SPring-8を利用したタンパク質構造解析の技術の現状と最新成果について、これから取り組みたい方にも向けて紹介する。また、将来について議論を深めることで、当該分野における放射光科学を推進することを目的とする。蛋白研セミナー / SPring-8 先端利用技術ワークショップ「SPring-8における蛋白質構造生物学研究の現状と将来」(9月9日13時〜10日11時)に合わせて開催し、今後のビームラインのあり方や構造生物学の将来を広く議論する場としたい。

プログラム

9月9日
  1. 開会挨拶
  2. 趣旨説明
  3. ビームライン現状報告
    1. 大阪大学蛋白質研究所ビームライン・台湾ビームライン
    2. 共用ビームライン
    3. 理研ビームライン
  4. 「アンジオテンシンⅡ受容体の構造と血圧調節機構」 浅田秀基 (京大院医)
  5. 「F1-ATPase構造解析と反応機構の解明」 鈴木俊治 (東工大)
  6. 「SmgGDSによる低分子量G蛋白質の認識と機能」 藤間祥子 (奈良先端大)
  7. 「三量体Gタンパク質の細胞内局在を調節するGip1の構造と機能」 宮川武朗 (阪大院生命)
  8. 「銅含有アミン酸化酵素触媒機構の“in crystallo” 熱力学的解析」 村川武志 (大阪医大)
9月10日
  1. 趣旨説明
  2. 「結晶化環境とプレートスキャン」 奥村英夫 (JASRI)
  3. 「ZOOシステムによる自動測定」 平田邦生 (理研RSC)
  4. 「KAMOによる自動処理」 山下恵太郎 (東大院理)
  5. 「遠隔実験」 水野伸宏 (JASRI)
  6. 「実験データベース」 上野剛 (理研RSC)
  7. 動向調査・総合討論（議事録, 動向調査報告書, アンケート集計報告）

第11回研究会（終了）

題名
「近未来の放射光構造生物学研究を考える」〜自動測定の発展とSPring-8アップデート〜
日時
令和元年6月26日（水） 16:45-18:45
場所
神戸国際会議場　5階 501号室（E会場）
概要

XFELやCryoEMの目覚ましい進展など構造生物学はまさに大きな転換期を迎えているなか、回折構造生物学も過渡期に突入している。
大型放射光施設SPring-8でも、アップグレード計画が検討されているほか、構造生物学ビームラインでの様々な自動測定技術の発展、新ビームラインBL45XUの稼働、理研のCryoEMの配備といった取り組みが見られる。
本研究会ではSPring-8の最新情報をユーザー共同体で共有し、SPring-8アップグレードに期待することを議論する場としたい。
最後に、SPring-8/SACLAの利用者の方々だけでなく、放射光を用いた構造生物学の関係者の皆様のご参加を心よりお待ちしております。

プログラム
  1. 開会挨拶
  2. 「ZOO systemを用いた自動回折データ収集の実際」 大戸梅治 （東大院薬）
  3. 「SPring-8 PX-BLにおける結晶化および結晶化プレートin situ測定環境の整備」 奥村英夫 （JASRI）
  4. 「相関構造解析プラットフォームに向けた取り組み」 山本雅貴 （理研RSC）
  5. 「新タンパク質結晶構造解析ビームライン”BL45XU”」 熊坂崇（JASRI）
  6. 動向調査・総合討論 （議事録）「SPring-8アップデートについての情報共有」 熊坂崇（JASRI）

第10回研究会（終了）

日時
平成30年8月10日（金） 13:30-15:30
場所
大阪大学・吹田キャンパス　蛋白質研究所　１階講堂
概要
近年、測定の効率化も進む中、新しい放射光施設の建設やSPring-8のUpgradeの計画も具体化されつつある。今回の研究会は、ビームラインの最新の成果を紹介する蛋白研セミナー / SPring-8 先端利用技術ワークショップ「SPring-8における蛋白質構造生物学研究の現状と将来」(8月9日13時〜10日12時)に合わせて開催し、今後のビームラインのあり方や構造生物学の将来を広く議論する場としたい。
プログラム
  1. 開会挨拶
  2. 「SPring-8 MXビームラインの現状と今後ー共用BLのパワーアップ」 熊坂 崇 (JASRI)
  3. 動向調査・総合討論 (議事録)

第９回研究会（終了）

日時
平成30年6月28日（木） 18:00-19:30
場所
朱鷺メッセ 新潟コンベンションセンター　C会場（３階中会議室)
概要
近年、進展の目覚ましいクライオ電顕と結晶構造解析とを組み合わせた最新の研究成果について、話題提供と議論を行う。
プログラム
  1. 開会挨拶
  2. 「プロトン駆動力変換チャネルExbBDの作動機構の解明 - クライオEMと放射光の相補的利用」 米倉 功治 (理研RSC)
  3. 「X線結晶構造解析とクライオ電顕で明らかとなった酸素運搬蛋白質の立体構造」 田中 良和 (東北大)
  4. 動向調査・総合討論 (議事録)

第８回研究会（終了）

日時
平成29年9月4日（月） 10:00-12:00
場所
広島大学・東千田キャンパス　東千田未来創生センターM202号室
概要
試料のX線照射損傷に如何に対処するかについて、測定方法や損傷度の評価などの話題提供と議論を行う。
プログラム
  1. 開会挨拶
  2. 「放射線損傷とタンパク質結晶構造解析の限界」 平田 邦生 (理研RSC)
  3. 「SPring-8硬X線分光ビームラインでの試料の放射光損傷について」 宇留賀 朋哉 (JASRI)
  4. 「Mn4CaO5クラスター持つ光化学系II蛋白質結晶のX線還元の課題」 梅名 泰史 (岡山大)
  5. 動向調査・総合討論 (議事録 ・ H29 動向調査報告書)

第７回研究会（終了）

日時
平成29年8月3日（木） 10:00-12:00
場所
大阪大学蛋白質研究所　１階講堂
概要
構造生物学に関するSPring-8の実験環境の現状と計画について、他施設の動向も含めて紹介し、次期計画を含めた将来について議論を行う。
プログラム
  1. 開会挨拶
  2. 話題提供「光源性能を活かす新しい蛋白質結晶解析技術の動向」 山本雅貴 (理研RSC)
  3. 動向調査・総合討論 (議事録)

第６回研究会（終了）

日時
平成28年8月29日（月） 20:00-21:00 (懇親会終了後)
場所
関西学院大学神戸三田キャンパス　第二厚生棟１階学生ホール
概要
ビームラインの利用を促進するため、利用者から各ビームラインの利用技術や高性能化などに関する話題提供と議論を行う。
プログラム
  1. 開会挨拶・趣旨説明
  2. SPring-8における膜タンパク質LCP微結晶構造解析 西澤智宏 (東京大)
  3. BL38B1でのon line顕微分光測定 沼本修孝 (東京医科歯科大)
  4. BL利用者としてのBL38B1の成果と話題提供 梅名泰史 (岡山大)
  5. BL44XU,BL32XU利用と研究紹介 竹下浩平 (大阪大)
  6. 酸化ヌクレオチド加水分解酵素の研究 中村照也 (熊本大)
  7. 生物系BL利用と最近の成果について 水島恒裕 (兵庫県立大)
  8. 総合討論 (議事録, 動向調査報告書)
  9. 閉会挨拶

第５回研究会（終了）

日時
平成28年6月10日（金） 9:30-12:00
場所
九州大学馬出病院キャンパス　総合研究棟 105号室
概要
ビームラインの利用を促進するため、顕微分光装置および溶液散乱測定の整備状況や利用成果に関する話題提供を行い、議論を深める。
プログラム
  1. 開会挨拶
  2. SPring-8 MXビームラインの現状報告 熊坂崇 (JASRI)
  3. 構造生物学ビームラインでの顕微分光測定 奥村英夫 (JASRI)
  4. 理研構造生物学ビームラインI（BL45XU）でのBioSAXSの現状 引間孝明 (理研)
  5. 総合討論 (議事録, 動向調査報告書)
  6. 閉会挨拶

第４回研究会（終了）

日時
平成27年6月27日（土） 9:30-12:00
場所
徳島大学工学部　共通講義棟４階 K401号室
概要
ビームラインの利用を促進するため、メールイン測定および効率的なデータ処理に関する話題提供を行い、議論を深める。
プログラム
  1. 開会挨拶
  2. SPring-8 MXビームラインの現状報告 熊坂崇 (JASRI)
  3. 理研・和光地区でのメールイン測定の実際 宮武秀行 (理研)
  4. XDSの概要と自動データ処理システムについて 山下恵太郎 (理研)
  5. 総合討論 (議事録, 動向調査報告書)
  6. 閉会挨拶

第３回研究会（終了）

日時
平成26年9月13日（土） 10:00-12:00
場所
生命科学総合研究棟・B301号室(東京大学・本郷キャンパス）
概要
構造生物の共用BLを中心にSPring-8利用に関する最新の情報交換を行いました。総合討論の時間に運用方法など施設への要望などを議論しました。
プログラム
  1. 開会挨拶
  2. 共用ビームラインの新たな運用方法 熊坂崇 (JASRI)
  3. HAG法の現状 馬場清喜 (JASRI)
  4. 新しくなったBL41XU 奥村英夫 (JASRI)
  5. 総合討論 (議事録, 動向調査報告書)
  6. 閉会挨拶

第２回研究会（終了）

日時
平成25年9月8日（日） 16:00-17:30
場所
宇治おうばくプラザ・セミナー室１(京都大学・宇治キャンパス）
概要
SPring-8次期計画に関する情報提供と意見交換を中心におこないました。
プログラム
  1. はじめに 栗栖源嗣 (阪大; 研究会代表)
  2. SPring-8構造生物学ビームラインの現状 熊坂崇 (JASRI)
  3. SPring-8次期計画の概要説明 米倉功治 (理研)
  4. 総合討論 (議事録, 動向調査報告書)
  5. おわりに 中川敦史 (阪大; SPRUC利用委員長)

第１回研究会（終了）

日時
平成25年6月15日（土） 9:30-11:30
場所
とりぎん文化会館・第２会議室（鳥取市）
概要
ビームラインと利用の現状について情報提供と、施設者と利用者の意見交換を行いました。
プログラム
  1. はじめに 栗栖源嗣 (阪大; 研究会代表)
  2. ビームライン報告
    1. BL41XU 長谷川和也 (JASRI)
    2. BL38B1 馬場清喜 (JASRI)
    3. BL32XU 平田邦生 (理研)
    4. BL26B1/BL26B2 上野剛 (理研)
    5. BL44XU 山下栄樹　(阪大蛋白研)
    6. BL12B2 吉村政人 (国家同歩輻射研究中心)
  3. ビームタイム運用 熊坂崇 (JASRI; 研究会副代表)
  4. SPRUCの活動 中川敦史 (阪大; SPRUC利用委員長)
  5. 総合討論 (議事録)
  6. おわりに 熊坂崇 (JASRI)

連絡先

ご不明な点等ございましたら、代表者までご連絡ください。